Jean-Christophe Marti a été formé au CNR de Boulogne Billancourt (clarinette, musique de chambre, écriture) et au CNSM de Paris (esthétique, histoire). Il étudie également la direction d’orchestre pendant plusieurs années, auprès de Jean-Claude Hartemann à Paris et au Mozarteum de Salzburg, avant de se consacrer à la composition.
Son goût pour les textes littéraires et dramatiques l’amènent alors à écrire de nombreuses œuvres vocales ou scéniques, qui lui ont été commandées notamment par Musicatreize (Déméture sur déméture, L’An un), Laurence Equilbey (Bar iona), Les Arts Florissants (And all the live), Les Cris de Paris (Psaume 74), Résonance contemporaine (Chansons harmoniques). Il reçoit également le Prix Maurice Ohana-Sacem avec The last words Virginia Woolf wrote pour 12 voix. Il écrit aussi des pièces orchestrales (H aspiré pour l’Orchestre Philharmonique de Halle, Festival Händel 2003, Oïkouménè pour l’Orchestre des Jeunes de la Méditerranée) et crée des formes dramatiques singulières, telles que ses spectacles musicaux L’album de l’oiseau qui parlait (créé au Musée d’Orsay) et Timsongs (d’après des dessins de Tim Burton, créé à la Cité de la musique).
Travaillant volontiers pour le spectacle vivant, il collabore notamment avec les metteurs en scène Jean-Yves Ruf, Vincent Lacoste, Olivier Werner, Eric Ruf, Emilie Valantin, Arthur Nauzyciel, Christian Rist. Il s’intéresse également au documentaire de création — collaborations avec François Caillat, Laurent Roth, Samuel Poisson-Quinton — et à l’art contemporain (projet de création instrumentale d’après Jean Tinguely, soutenu par la Fondation Natexis).
De 2001 à 2004, il a été chargé de cours à Sciences-Po Paris sur le thème «Temps politique et temps musical », tout en cherchant à approfondir les liens entre les musiques d’aujourd’hui et les sciences humaines ; c’est ainsi qu’il collabore avec les éditions Les Prairies ordinaires en publiant des entretiens avec l’historienne Arlette Farge et l’anthropologue Véronique Nahoum-Grappe.